Pada era modern ini pendidikan pada tingkat tertinggi bukanlah lagi suatu pilihan, melainkan suatu keharusan (it is not an option, it is an obligation). Hal ini berlaku juga dalam bidang teologi. Bila Tidak, pelecehan pendidikan teologi maupun penyimpangan ajaran agama Kristen tak terhindari.
Dalil ini juga yang menyebabkan STTII yang dimulai pada tahun 1979, membuka sekaligus tiga program studi, yaitu Diploma, Strata Satu dan Strata Dua. Strata Tiga Teologi Praktika (D.Min) diluncurkan tahun 1997. Semua Program studi ini telah mencetak alumni yang kini berkecimpung di berbagai bidang pelayanan dan diberbagai denominasi di seluruh Nusantara. STTII bersifat Imani-Injiili- Interdenominasi (3I).
Pada Bulan Agustus 2006, program studi teologi tertinggi DTh diawali oleh pakar-pakar Injili di Ibu Pertiwi, dalam bidang Studi: Theological Studies dan Practical Studies. Program Studi Doktor Teologi STTII Yogyakarta mendapatkan ijin penyelenggaraan dari Dirjen Bimas Kristen RI dengan SK No:DJ.III/Kep/HK.00.5/96/2011. Program D.Th ini dilaksanakan dalam dua perspektif, yaitu: perspektif Studi Biblika dan Perspektif Studi Praktika. Dengan Tekanan (track) atau Konsentrasi pada:
1. Teologi Perjanjian Lama
2. Teologi Perjanjian Baru
3. Teologi Historika
4. Misiologi
5. Pendidikan Agama Kristen
6. Teologi Pastoral
Misi Program studi ialah menerapkan Missio-Deo yang terutama dijelaskan tegas dalam Perjanjian Lama dan Missio-Kristi yang dijelaskan secara tegas di dalam Perjanjian Baru.

Sistem Perkuliahan
Program Studi Doktor Teologi dirancang bagi mereka yang mampu melakukan riset pada tingkat tertinggi dengan sasaran untuk menjadi sarjana-sarjana dan para pemimpin pendidikan dalam berbagai bidang pelayanan-pelayanan Kristen. Kurikulum secara praktis mendorong pemikiran yang kritis, sintesis yang menyatu dari Alkitab dan data ilmu pengetahuan sosial, dan kuliah-kuliah riset yang asli, secara khas diikuti oleh format seminar pasca-sarjana yang mewajibkan partisipasi yang aktif dari mahasiswa, dalam riset, presentasi dan diskusi kelas. Perbandingan antara dosen dan mahasiswa adalah 30:70 berarti bagi setiap kuliah pekerjaan mahasiswa meliputi 70% dari Kuliah.

Syarat Penerimaan & Kelulusan
Program Studi D.Th yang diselenggarakan oleh STTII Yogyakarta melakukan seleksi calon mahasiswa dengan memberikan persyaratan-persyaratan:
1. Calon mahasiswa D.Th memiliki ijazah S2 dari Seminar/STT yang diakui standar akademisnya oleh pakar-pakar Teologi (berijazah negara).
2. Sudah menyelesaikan kuliah bahasa-bahasa asli Alkitab; Ibrani 6 SKS dan Yunani 6 SKS. Bisa juga mengambil matakuliah ini di STTII sebagai martikulasi 1 tahun.
3. Lulus Ujian Masuk:

1. Eksegesis/eksposisi satu perikop Alkitab.
2. Menerjemahkan satu artikel bahasa Inggris dalam bidang studi yang diambil.
3. Ujian Teologi dan Biblika.

4. Setiap mahasiswa D.Th harus menyelesaikan matakuliah-matakuliah inti (6 SKS), matakuliah-matakuliah bidang studi (20 SKS), dan matakuliah-matakuliah penelitian dan penulisan disertasi (20 SKS). Jika mahasiswa tersebut dari bidang yang berbeda (tidak sebidang), maka akan dikenakan mata kuliah-matakuliah martikulasi sebanyak 40 SKS.
5. Mahasiswa D.Th yang sudah seleksi kuliahnya dengan nilai minimal B diwajibkan menempuh ujian komprehensif.
6. Tahap berikutnya adalah mempertahankan disertasi di ddepan sekurang-kurangnya 5 pakar teologi;3 orang dalam bidang mayor, 2 orang dalam bidang minor/pilihan.
7. Disertasi yang disetujui, diteliti formatnya oleh Biro Perpustakaan, kemudian dijilid sekurang-kurangnya 3 buah (1 untuk Ketua, 1 untuk Perpustakaan, dan 1 untuk Mahasiswa).
8. Langkah akhir ialah penyelesaian administrasi dan wisuda. Tidak ada wisuda in absentia untuk prodi ini.

Banyak persepsi Pendidikan Teologi yang lemah. Tuhan memang tak dimuliakan karena bila Yesus Tuhan, Ia berlayak menerima hanya yang terbaik. "He (Jesus) deserves the Best, no less than the best." Semua dosen merupakan lulusan doktor hasil studi di Dallas Theological Seminary, Trinity Evangelical Divinity School, Fuller Theological Seminary, Biola University dan University of Toronto. Dan sudah melalui proses yang benar maka akan memberikan bobot studi yang tak setengah jadi.


Visi & Misi Program Studi Doktor Teologi

Visi
Visi program studi ialah menjadi Program Doktor Teologi yang menekankan penelitian cermat teks-teks Alkitab sebagai landasan perumusan Teologi Biblika untuk menjawab kebutuhan dan pergumulan gereja di Indonesia.

Misi
1. Menyelenggarakan pendidikan Doktor Teologi dengan menekankan penggalian cermat teks-teks Alkitab, yang adalah Firman Allah tanpa salah, dengan mengutamakan pemanfaatan bahasa asli Alkitab dalam penelitian, sebagai landasan perumusan Teologi Biblika, dengan memanfaatkan berbagai warisan Teologi Injili dalam proses penelitian Kitab Suci dan Teologi Biblika.
2. Menyelenggarakan pendidikan Doktor Teologi yang peka kepada berbagai perkembangan sosial, ekonomi, politik dan teologi, yang dihadapi oleh umat dan gereja-gereja di Indonesia. 3. Menyelenggarakan pendidikan Doktor Teologi yang cakap memanfaatkan hasil-hasil penelitiannya untuk menjawab kebutuhan umat dan gereja-gereja di Indonesia.
4. Menyediakan sarana dan prasarana yang memenuhi standar pengelolaan program S3 sesuai dengan ketetapan pemerintah yang diatur dalam UU Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, Bab XII, Pasal 45 ayat 1 dan 2 tentang Sarana dan Prasarana Pendidikan; PP No. 19 Tahun 2005 Tentang Standar Pendidikan Nasional Bab VII, Pasal 45 ayat 4 mengenai standar kualitas bangunan minimal pada satuan pendidikan tinggi, yang adalah kelas A.
5. Menyediakan tenaga pengelola program pendidikan S3 Teologi sesuai dengan yang diatur dalam UU Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, Bab XI mengenai pendidik dan tenaga kependidikan.